PCR為主的核酸擴增技術成為當前呼吸道病原體核酸檢測最普遍的核酸診斷方法
兒童呼吸道感染的病原復雜多樣，包括病毒、細菌、非典型病原體、真菌等。明確感染病原有助于抗微生物藥物的合理使用及呼吸道傳染病的早發現、早隔離、早報告和早治療。因此，快速準確的病原學診斷對于呼吸道常見感染性疾病的臨床診療及防控具有重要意義。
兒童呼吸道感染病原體檢測方法包括分離培養、抗原檢測、核酸檢測和抗體檢測等，各種方法均有各自的優缺點。由于病原體分離培養費時費力且敏感性較低，血清抗體檢測因有窗口期不推薦使用，故呼吸道感染病原體的主要實驗室診斷方法為抗原檢測和核酸檢測。病原體核酸檢測方法按照技術原理又可分為核酸擴增、核酸雜交、基因測序、規律成簇的間隔短回文重復(CRISPR)技術等。核酸擴增包括PCR擴增、等溫擴增技術等。
二、常見病原體類型
1、門診患兒
- 急性上呼吸道感染患兒，一般不常規進行呼吸道病原體的核酸檢測，但對于有特異性抗病毒藥物的病毒感染，如流感病毒，可視條件或在其他檢測方法不能明確診斷時，使用核酸檢測，有利于抗病毒藥物的合理應用。
- 急性下呼吸道感染患兒，或有心肺等重要臟器的基礎疾病、免疫功能異常的急性呼吸道感染患兒，建議根據患兒年齡、臨床特征和發病季節等及時選用可疑病原的核酸檢測方法進行病原學確定，盡快明確病原體，有助于患兒治療方案的確定和后續管理。
- 對有急診適應證及所有因急性呼吸道感染性疾病住院、住院期間新出現呼吸道感染癥狀(伴或不伴發熱)、或出現不明原因的呼吸窘迫、慢性心肺疾病急性惡化、血液病、腫瘤患兒出現中性粒細胞減少/缺乏伴發熱的。
- 有急性呼吸道感染的危重癥患兒，建議首選多重核酸檢測。若常規核酸檢測不能明確病原，推薦采用mNGS進行病原學檢測，但其結果需要結合臨床表現綜合分析，必要時使用其他方法進一步驗證。
五、兒童急性呼吸道感染病毒病原檢測結果分析
1、不同實驗室診斷方法各具優缺點
- 目前，主要是抗原檢測和核酸檢測。抗原檢測的敏感度低，但陽性結果有病因學意義；核酸檢測敏感度高，陽性結果要具體分析，不一定有病因學意義。
- 對于Flu這類以上呼吸道感染為主的病毒，鼻(咽)拭子標本基本可滿足臨床檢測需求。
- 下呼吸道感染為主的病毒在感染上呼吸道上皮細胞1~3 d后迅速擴散至下呼吸道。
- 對于RSV、HAdV、PIV、SARS-CoV-2等多數能夠引起下呼吸道感染的呼吸道病毒而言，鼻咽分泌物、鼻咽拭子、肺泡灌洗液等標本類型更為適合。
- 在病毒載量未達到抗原檢測閾值的病程極早期(如流感樣病例發熱1~2 h)或者病程后期，選擇抗原檢測，可能就會得到陰性結果。因此，在這2個階段，最好選用核酸檢測。在疾病恢復期，核酸檢測也可能轉為陰性，此時可考慮抗體檢測，最好是雙份血清檢測。
- 因為核酸檢測的高靈敏度，在部分無癥狀感染者中也可檢測到病毒。
- 一份標本中檢測到多種病毒的情況很常見，但不是所有檢測到的病毒與現癥感染均相關。
- 大量研究表明，MRVD在下呼吸道感染兒童中為20%~40%，但這一現象在成人中不太常見。在許多研究中，人博卡病毒與人鼻病毒是最常見的MRVD 。
- 核酸檢測陽性不一定反映病毒活躍復制，但相對高拷貝數的病毒將增加其致病作用的可能性。除提示急性感染外，核酸檢測陽性還可能反映急性感染(如人博卡病毒)、潛伏性慢性感染(如部分腺病毒)或無癥狀急性感染(如人鼻病毒)后的長時間的病毒排毒。
六、核酸檢測結果對臨床用藥指導價值
1、抗菌藥物的應用和選擇原則
- 若考慮為致病病原體，具體抗菌藥物需根據當地耐藥監測數據和可及性進行選擇。有些病原已經可以通過核酸檢測耐藥基因/耐藥突變的存在，如耐青霉素肺炎鏈球菌、碳青霉烯類耐藥革蘭陰性桿菌、耐大環內酯的肺炎支原體/百日咳鮑特菌、耐利福平的結核分枝桿菌等，這些結果對抗菌藥物的選擇有較好的參考意義，同時也要充分考慮患兒對治療的實際反應。
- 當病毒核酸檢測陽性時，如果患兒出現重癥的早期征象、早期抗病毒治療臨床好轉后病情再次惡化或應用抗病毒治療3~5 d仍無好轉，應該經驗性治療可能合并的細菌感染，并在治療的同時行進一步檢查。
- 兒科醫師應盡量明確病毒感染的病原學，嚴格掌握抗病毒藥物的適應證，根據患兒病情輕重及藥物本身理化性質，按照5R原則(正確的患者、正確的時間、正確的藥物、正確的劑量及正確的給藥途徑)進行抗病毒治療。
1、常見呼吸道感染性疾病與病原體
2、不同地區兒童呼吸道感染病原體特征
武漢兒童醫院 在 10,206 名患者中發現了一種或多種病原體，肺炎支原體、腺病毒和乙型流感病毒是主要的傳染原。共檢出2391例病原菌混合感染，其中肺炎支原體是最常見的病原菌。合并感染中最常見的病原體是肺炎支原體和乙型流感病毒。
其他文獻數據：
3、目前已有呼吸道病原體檢測試劑類型：
4、已發布的試劑盒指導原則及行業標準：《呼吸道病毒多重核酸檢測試劑盒技術指導原則》2019《呼吸道病毒多重核酸檢測試劑盒》行業標準 實施時間：2022-12-01.......
信息來源：
[1]兒童呼吸道感染病原體核酸檢測專家共識
[2]中國醫院協會, 國家兒童醫學中心(北京), 國家感染性疾病醫療質量控制中心,等. 抗病毒藥物在兒童病毒感染性呼吸道疾病中的合理應用指南[J]. 中華實用兒科臨床雜志 2020年35卷19期, 1441-1450頁, ISTIC PKU CA, 2020.
[3]《呼吸道病毒多重核酸檢測試劑盒》行業標準
[4]《呼吸道病毒多重核酸檢測試劑盒技術指導原則》2019
[5]孫宇, 趙林清. 正確分析兒童急性呼吸道感染病毒病原檢測結果[J]. 中華實用兒科臨床雜志, 2021, 36(24):5.
[6]楊建麗, 楊俊梅. 鄭州地區1 548例住院呼吸道感染兒童9項呼吸道常見病原體檢測分析[J]. 國際醫藥衛生導報, 2020, 26(3):4.
[7]胡塔, 陳岸岸, 曾文,等. 廣州地區2018年兒童常見呼吸道感染病原學分析[J]. 國際醫藥衛生導報, 2020, 26(13):1927-1930.
[8] Jia L , Hongwu A , Ying X , et al. Prevalence and Correlation of Infectious Agents in Hospitalized Children with Acute Respiratory Tract Infections in Central China[J]. Plos One, 2015, 10(3):e0119170.
[9]樊旭成, 何華, 高楓,等. 2018年烏魯木齊市急性呼吸道感染患兒中5種病毒感染情況調查[J]. 國際病毒學雜志, 2019, 26(5):4.
[10]姚瑤, 李愛華, 宋文琪. 2016—2018年北京地區兒童急性呼吸道感染病原體流行特征分析[J]. 中華微生物學和免疫學雜志, 2019, 39(2):6.
[11]Wu J . Etiological and epidemiological features of acute respiratory infections in China[J].Nat Commun. 2021 Aug 18;12(1):5026.
